Oltre il 7% del territorio è totalmente/parzialmente protetto. Nella Repubblica di Macedonia vi sono:

3 parchi nazionali (Pelister dal 1948, Mavrovo dal 1949, Monte Galichica dal 1958)
4 riserve naturali integrali
3 paesaggi protetti
14 aree con flora o fauna particolari
33 aree dichiarate monumenti naturali